Caecilia werd bijgezet in de catacomben van Calixtus.
Paus Paschalis I liet haar lichaam in 821 overbrengen naar de Sint-Caeciliakerk in Trastevere.
Tot op de dag wordt ze daar vereerd als het toonbeeld van geloof, kuisheid en standvastigheid.
Haar graf werd in 1599 op gezag van kardinaal Baronius geopend.
Tot ieders grote verbazing zagen de onderzoekers het ongeschonden lichaam van een jonge vrouw met een diepe steekwond in haar hals en bloedvlekken op haar kleren.